Được bầu làm Nhiếp chính - Thái tử Thụy Điển, Karl Johan có những thay đổi mạnh mẽ trong chính sách cai trị. Ông kiện toàn Hội đồng cơ mật Thụy Điển và bắt đầu điều chỉnh chính sách đối ngoại. Bị Hoàng đế Napoleon I thúc ép hỗ trợ mình trong cuộc chiến tranh chống Anh, vị nhiếp chính Thụy Điển tỏ ra không quan tâm và tập trung vào việc mua lại Na Uy từ tay vương quốc Đan Mạch-Na Uy. Bên cạnh đó, người dân Thụy Điển kiến nghị với nhiếp chính phải tái chiếm và sáp nhập vùng đất Phần Lan để mong thoát khỏi ảnh hưởng của thế lực Nga hoàng tại Bắc Âu[28], tuy nhiên ông đã không dám thực hiện vì sợ đụng chạm đến quyền lợi của Nga[29]. Cuộc chiến chống lại nước Anh được biết đến như một "cuộc chiến kỳ quặc" và quan hệ thương mại được duy trì một cách bí mật. Hơn nữa, Karl Johan bắt đầu dần tiếp cận với Nga, trong khi tỷ lệ ủng hộ của Pháp dành cho ông ngày càng mờ nhạt[30].

Thái độ bất hợp tác của nhiếp chính Thụy Điển khiến Napoleon I nổi giận. Hoàng đế Pháp đã ra tối hậu thư ép vị nhiếp chính Thụy Điển gia nhập vào các hệ thống lục địa và tuyên chiến với Vương quốc Anh; nếu không, Thụy Điển sẽ phải đối mặt với đòn trừng phạt của Pháp, Đan Mạch và Nga. Chính sách này của Pháp giáng một đòn mạnh làm cư dân Thụy Điển khốn đốn. Bất đắc dĩ, Nhiếp chính Carl Johan đã phải tuyên chiến với Anh, trong khi hàng nhập khẩu từ Thụy Điển vào Anh giảm mạnh, từ 4,87 tỉ bảng vào năm 1810 xuống còn 523 triệu bảng trong một năm sau đó[31][32].

Tháng Giêng năm 1812, quân Pháp do Napoleon chỉ huy bất ngờ tấn công vào Pomerania gần Thuỵ Điển và đảo Rugen[33] để "cảnh cáo", đồng thời đảm bảo quân Pháp không bị bọc hậu từ phía sau[34]. Để giảm sự phẫn nộ của Thái tử, Napoleon giả cách làm một tiệc sinh nhật ngay ngày sinh của nhiếp chính Thuỵ Điển[35]. Hành động này của Pháp làm nhiếp chính Karl Johan cho đây là sự xúc phạm[36], xa hơn là Pháp đã vi phạm "luật quốc tế" - cố ý gây chiến tranh để kiềm chế đồng minh. Trước tình hình đó, Thái tử nhiếp chính tuyên bố tình trạng trung lập của Thụy Điển cũng như mở các cuộc đàm phán với Anh và Nga[37]. Tháng 4/1812, ông quyết định ký với Nga - kẻ thù của Pháp nhằm thành lập đồng minh chống Pháp. Hai công ước liên tiếp được hai nước ký ở hai thủ đô là Saint-Peterburg của Nga và Stockholm của Thụy Điển (ngày 5 và 9/4/1812), cùng cuộc gặp ở Turku giữa Thái tử và Sa hoàng Aleksandr I của Nga, đã củng cố chắc quan hệ giữa hai nước. Nội dung hai công ước nhấn mạnh sự tham gia tích cực của Thụy Điển với Nga trong cuộc chiến chống Napoleon, đổi lại Nga sẽ bảo vệ vùng Na Uy của Thụy Điển. Cuộc mật đàm ở Turku nhấn mạnh Nga sẽ bảo vệ hoàng tộc của Karl Johan. Phiên họp bất thường của Nghị viện Thụy Điển năm 1812[38] đề ra giải pháp bảo vệ đất nước trước nguy cơ chiến tranh Pháp - Nga. Đồng thời, Thụy Điển ký ngay với Anh hiệp ước Örebro (18/7/1812) và các nước Phổ, Tây Ban Nha để kiến tạo liên minh chống Napoleon. Khi quân Anh không thật lòng giúp đỡ Thụy Điển tấn công Pháp và làm ông có ác cảm với người Anh. Một số nước chư hầu của Đức ly khai Napoleon và nước Phổ đồng ý viện trợ 3 vạn quân. Cuộc họp giữa Anh, Nga và Phổ ở Trachenberg ở Silesia đầu tháng 7/1812 đã nhất trí một kế hoạch chiến dịch sắp tới, mà trong đó Thái tử Thụy Điển Karl Johan sẽ chỉ huy đạo quân phía Bắc, gồm quân Thụy Điển và 95.000 liên quân Nga - Phổ[30].

Đứng giữa cuộc chiến giữa các nước lớn và Napoleon để lấy lại các vùng đất đã mất, Karl Johan dường như thoái chí trước việc xâm chiếm Na Uy, nhưng lại gặp khó khăn về tổ chức quân đội và chi phí cho cuộc chiến quá lớn. Trong các trận Grossbeeren (23/8/1813) và trận Dennewitz (6/9/1813), quân đồng minh của Thụy Điển là Phổ bị thất bại nặng nề, song quân Thụy Điển chỉ chiến đấu cầm chừng và chưa thật sự tham gia vào cuộc chiến. Mãi tới trận Leipzig, quân Thụy Điển mới chính thức tham gia bên "liên minh thứ sáu" do Anh cầm đầu, chiến đấu bên cạnh đồng minh và đại thắng trọn vẹn. Quân Pháp bị giết khá nhiều, bỏ chạy tán loạn, và bắt giết những người dân địa phương cản đường rút của họ. Ở phía bắc, quân của Karl Johan đánh lui quân Đan Mạch tới tận vùng Holštejn. Tại trận Bornhöved, quân Đan Mạch thất bại thảm hại và tướng chỉ huy Frederiksort đầu hàng. Ngày 14/1/1814, Thái tử Karl Johan ký Hòa ước Kiel với Đan Mạch, buộc nước này trao Na Uy cho Thụy Điển[39].

Người Na Uy không sẵn lòng đi theo chủ mới là Thuỵ Điển. Họ nổi dậy khởi nghĩa và tuyên bố độc lập, thông qua một hiến pháp tự do và bầu hoàng tử Đan Mạch Christian Frederick lên ngôi. Cuộc chiến tranh chớp nhoáng của Karl Johan đã nhanh chóng đánh bại quân khởi nghĩa Na Uy, nhưng thể theo đề nghị của quân khởi nghĩa và triều đình Đan Mạch, nhiếp chính Karl Johan nhượng bộ và chấp nhận Hiến pháp Na Uy. Công ước Moss ngày 14/11/1814 quyết định sáp nhập Na Uy vào Thuỵ Điển, hình thành liên minh Thuỵ Điển - Na Uy dưới sự cai trị của Quốc vương Thuỵ Điển. Vua Thuỵ Điển Karl XIII được tôn làm vua Karl II của Na Uy.